2013年學校黨代會、教代會明確提出：學校將進一步深化校院兩級管理體制改革。

　　學校主要領導多次要求各職能部門要充分認識深化校院兩級管理體制改革的重要性，要根據形勢變化和具體情況作出新的分析判斷；要在各自的職能范圍內進一步思考校院兩級管理的運行模式和相關制度，提出具體和切實可行的方案；要重點考慮如何科學劃分學校、學院的職責權限，對人、財、物進行合理調配；要主動學習兄弟院校的好經驗、好做法，使校院兩級管理更好地服務學校改革發展。

　　11月15日，學校第二屆第四十次黨委會審議通過了《南昌航空大學關于深化校院兩級管理體制改革工作的通知》。

　　校院兩級管理體制改革，是當前高校內部管理體制改革的熱點。1999年以來，學校抓住高等教育大發展的機遇，辦學規模持續擴大，辦學條件明顯改善，辦學實力大幅提升，順利完成了從單一工科院校到多科性院校的轉變，為學校深化校院兩級管理體制改革奠定了良好的事業基礎。從2007年開始，學校通過管理重心下移，提高學院的辦學主體地位，提升學校的領導水平和管理水平，對校院兩級管理體制、人事分配制度、干部管理體制、財務管理制度等進行了積極的改革探索，有力地推動了學校各項事業的發展，促進了學校辦學水平的提升，為學校深化校院兩級管理體制改革提供了有益的經驗借鑒。

　　對照學校發展目標和加強內涵建設、全面提高教育教學質量、推進協同創新的新要求，學校當前的管理體制和運行機制上還存在著諸多問題和不足，主要表現在：學院辦學動力活力不足、人權財權偏少；機關管理效能偏弱、服務水平偏低等。

　　乘著黨的十八屆三中全會勝利召開的春風，學校積極探索實踐現代大學內部治理結構，理順校院關系，積極構建與發展目標相適應的管理體制和運行機制，破解發展難題，推進學校發展，進一步深化校院兩級管理體制改革有著極其重要的現實意義和歷史意義。

　　10月27日至29日，校長余歡率黨委組織部、發展規劃處、人事處、計財處等部門負責人赴華中師范大學、浙江工業大學學習調研。11月2日，黨委書記傅克剛主持召開了《學校深化校院兩級管理體制改革專題研討會暨領導小組會》。11月8日，校長余歡主持召開了深化校院兩級管理體制改革第一次調度會，并決定在11月20日召開第二次調度會。

　　我們有理由相信，有學校黨政主要領導的決心，有明確清晰的深化改革路線圖，有與黨的群眾路線教育實踐活動的緊密結合，有與深化教育教學改革、深化機構與人事分配制度改革、深化資源管理體制改革、深化后勤服務社會化改革的良性聯動，有全校師生員工的大力支持和共同努力，學校深化校院兩級管理體制改革一定會取得豐碩的成果。

　　學校深化校院兩級管理體制改革正當其時！